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馬健:AI智能藥物研發(fā),打開(kāi)藥物研發(fā)新引擎

熱門推薦: AI藥物 PDI大會(huì) 馬健
作者:馬健  來(lái)源:藥智網(wǎng)
  2019-07-23
近年來(lái)多元化的人工智能技術(shù)已融入到新藥研發(fā)的各個(gè)環(huán)節(jié),從靶點(diǎn)的發(fā)現(xiàn)、靶點(diǎn)的確認(rèn)、先導(dǎo)化合物的設(shè)計(jì)、臨床的研究,甚至是臨床研究后期偏重于計(jì)算的,如新藥設(shè)計(jì)傳統(tǒng)的計(jì)算化學(xué)結(jié)合人工智能新的算法,以及偏生物信息的早期靶點(diǎn)挖掘和推薦等等。

       

       醫(yī)藥行業(yè)有三高,高投入、高風(fēng)險(xiǎn)、高回報(bào);事實(shí)上多數(shù)人認(rèn)為只有兩高,新藥臨床失敗率極高,故而導(dǎo)致高回報(bào)基本為“假”。近年來(lái)新藥研發(fā)成功率逐年下降,據(jù)悉,當(dāng)前新藥研發(fā)臨床失敗率高達(dá)92%,并且一款新藥研發(fā)平均投入資金更是達(dá)到26億美元,2018年FDA僅批準(zhǔn)了59個(gè)新藥上市。由此可見(jiàn),醫(yī)藥行業(yè)為典型的高投入、高風(fēng)險(xiǎn)行業(yè)。這樣的行業(yè)對(duì)于技術(shù)革新的強(qiáng)烈訴求應(yīng)運(yùn)而生。

       “2019中國(guó)醫(yī)藥健康產(chǎn)業(yè)發(fā)展大會(huì)暨第四屆中國(guó)醫(yī)藥研發(fā)?創(chuàng)新峰會(huì)”(PDI大會(huì))上晶泰科技(Xtalpi)聯(lián)合創(chuàng)始人兼CEO馬健博士作了《人工智能在藥物研發(fā)中的應(yīng)用》的報(bào)告,全方位剖析AI技術(shù)與新藥研發(fā)融合,助力新藥研發(fā)的高效能發(fā)展。

       近年來(lái)多元化的人工智能技術(shù)已融入到新藥研發(fā)的各個(gè)環(huán)節(jié),從靶點(diǎn)的發(fā)現(xiàn)、靶點(diǎn)的確認(rèn)、先導(dǎo)化合物的設(shè)計(jì)、臨床的研究,甚至是臨床研究后期偏重于計(jì)算的,如新藥設(shè)計(jì)傳統(tǒng)的計(jì)算化學(xué)結(jié)合人工智能新的算法,以及偏生物信息的早期靶點(diǎn)挖掘和推薦等等。

       不完全統(tǒng)計(jì),目前全球范圍內(nèi)AI技術(shù)公司有125家,中國(guó)近兩年才開(kāi)始擁有AI技術(shù)公司,且不超過(guò)10家企業(yè)。前沿高科技技術(shù)一直是時(shí)代的寵兒,引領(lǐng)社會(huì)及行業(yè)的發(fā)展。具有發(fā)展眼光的投資者自然不會(huì)放過(guò)任何一個(gè)潛力股,據(jù)悉,預(yù)計(jì)到2024年,每年全球在AI大健康領(lǐng)域的投入將超100億美元,且每年在AI藥物發(fā)展領(lǐng)域的投入也將超40億美元。

       抓住機(jī)遇,晶泰科技順勢(shì)而生

       “網(wǎng)絡(luò)搜索晶泰科技,可能大家認(rèn)為晶泰科技僅僅是做晶型預(yù)測(cè)的一家公司,從藥物研發(fā)流程來(lái)講研究面確實(shí)比較窄,其實(shí)晶泰科技不僅是做晶型預(yù)測(cè),還做空間排列的晶體結(jié)構(gòu),和化合物的物質(zhì)結(jié)構(gòu)等。”馬健博士說(shuō)道,“晶泰科技的核心技術(shù)基于量子化學(xué)和物理學(xué),運(yùn)用人工智能和機(jī)器學(xué)習(xí)算法,進(jìn)行大規(guī)模高性能的云計(jì)算,對(duì)藥物晶型進(jìn)行預(yù)測(cè)計(jì)算理論分析并結(jié)合實(shí)驗(yàn)對(duì)其進(jìn)行篩選、工藝放大,貫穿藥物研發(fā)的整個(gè)生命過(guò)程。目前為止晶泰科技是全球范圍內(nèi)晶型研發(fā)方面最完備的公司。”

       晶泰科技于2014年創(chuàng)立于麻省理工學(xué)院校園,創(chuàng)業(yè)團(tuán)隊(duì)是一群學(xué)習(xí)物理化學(xué)的人才,2015年獲第一單業(yè)務(wù),與羅氏(上海)合作;經(jīng)過(guò)兩年多的研發(fā),2016年通過(guò)全球范圍內(nèi)的評(píng)估,晶泰科技獲“創(chuàng)富中國(guó)”總決賽第一名,包攬專項(xiàng)獎(jiǎng);隨后輝瑞成為最重要的客戶。截止目前憑借團(tuán)隊(duì)的技術(shù)優(yōu)勢(shì)與項(xiàng)目廣闊的市場(chǎng)空間,晶泰科技在美國(guó)、歐洲日本和中國(guó)共計(jì)擁有44家客戶,并已獲得騰訊、真格基金、峰瑞資本數(shù)千萬(wàn)元的A輪投資,以及來(lái)自國(guó)壽大健康基金、紅杉資本中國(guó)基金、Google、騰訊、SIG(海納亞洲)、雅億資本的數(shù)千萬(wàn)美金B(yǎng)輪融資,成為全球AI+制藥領(lǐng)域獲得融資的創(chuàng)業(yè)公司之一。

       藥物晶型研究新模式:計(jì)算+實(shí)驗(yàn)

       藥物的晶型具有非常多的價(jià)值。藥物晶型研究可能是一個(gè)不被看中的環(huán)節(jié),但對(duì)于完整藥物研發(fā)過(guò)程來(lái)看,我們關(guān)注的是最后患者的藥效,晶型是藥物化合物的載體和固體形態(tài),對(duì)藥物的藥效扮演了關(guān)鍵的角色;在藥物研發(fā)中,中國(guó)創(chuàng)新藥管線愈發(fā)豐富,尤其是4+7帶量采購(gòu)之后,仿制藥工作逐漸向創(chuàng)新藥看齊,晶型研究對(duì)于新藥研發(fā)是非常標(biāo)準(zhǔn)、常規(guī)的工作,一定要進(jìn)行完備的研究篩選,進(jìn)而才能保證藥物的質(zhì)量與療效,提高研發(fā)效率,減少生產(chǎn)成本,并延長(zhǎng)藥品生命線,加速藥品上市。

       藥物的晶型從界定層面上講是最容易識(shí)別的,因?yàn)榫褪俏锢硇再|(zhì),物質(zhì)結(jié)構(gòu),不像復(fù)雜的工藝流程可以調(diào)節(jié),晶型是一個(gè)固定形態(tài),唯一不可變。物理性質(zhì)和物質(zhì)結(jié)構(gòu)對(duì)于創(chuàng)新藥研發(fā)至關(guān)重要,換句話說(shuō),晶型的研究在創(chuàng)新藥研發(fā)過(guò)程中是一個(gè)非常關(guān)鍵的環(huán)節(jié)。

       這里問(wèn)題就非常突出了,如果藥物的設(shè)計(jì)中還有理性設(shè)計(jì)成分在里邊,晶型就是其中之一。全新藥物晶型研究像一門手藝,像炒菜一樣跟個(gè)人經(jīng)驗(yàn)綁定很深。藥物晶型研究比藥物設(shè)計(jì)更加傳統(tǒng)更加偏工業(yè),它的矛盾存在于研發(fā)過(guò)程中的時(shí)間和質(zhì)量。例如,三個(gè)月的時(shí)間能不能得出化合物最穩(wěn)定的晶體結(jié)構(gòu),保證制劑到臨床1期、臨床2期藥物不會(huì)發(fā)生轉(zhuǎn)晶,保證沒(méi)有風(fēng)險(xiǎn),能不能從物理上給一個(gè)完備的評(píng)估?三個(gè)月時(shí)間,將近30個(gè)臨床體系計(jì)算,大部分實(shí)驗(yàn)和預(yù)測(cè)的結(jié)果吻合一致,占比約70%;另外30%左右還需要進(jìn)一步的研究。這里看出平衡時(shí)間和質(zhì)量關(guān)鍵上預(yù)測(cè)是非常重要的。

研究解決方案

       過(guò)去的幾年把實(shí)驗(yàn)和計(jì)算,理論和實(shí)驗(yàn)結(jié)合在一起,有效地提高藥物晶型研究整個(gè)過(guò)程的研究質(zhì)量和效率。眾所周知,藥物研究早期階段,一是原料藥少;二是處于盲目篩選階段,缺少針對(duì)性;三是短期難以確定藥物的相對(duì)穩(wěn)定性,難以確定微觀結(jié)構(gòu),無(wú)法申報(bào);四是進(jìn)一步表征分析的樣品量不足,如何解決實(shí)驗(yàn)痛點(diǎn)?這就體現(xiàn)了計(jì)算的優(yōu)勢(shì),不消耗實(shí)際原料和樣品,短時(shí)間內(nèi)大規(guī)模并行全面理論篩選,準(zhǔn)確獲得微觀結(jié)構(gòu),從理論層面解釋實(shí)現(xiàn)現(xiàn)象,從而提高決策質(zhì)量,縮短決策周期,降低決策風(fēng)險(xiǎn)。

       國(guó)內(nèi)某新藥研發(fā)企業(yè),希望在2個(gè)月內(nèi)明確藥用晶型,控制晶型風(fēng)險(xiǎn)。項(xiàng)目時(shí)間緊,要求高,傳統(tǒng)實(shí)驗(yàn)已經(jīng)不能滿足客戶需求。晶泰通過(guò)實(shí)驗(yàn)+計(jì)算的新模式,新一代晶型預(yù)測(cè)平臺(tái)很好的解決了客戶問(wèn)題,加速藥用晶型決策。

加速藥用晶型決策

       人工智能+高清度計(jì)算的藥物設(shè)計(jì)

       人工智能和高清度計(jì)算的藥物設(shè)計(jì),能不能做出新藥來(lái)?實(shí)際上多數(shù)AI藥物研發(fā)公司集中在早期藥物設(shè)計(jì),尤其是先導(dǎo)化合物的識(shí)別和先導(dǎo)化合物的優(yōu)化,幫助藥物化學(xué)家更快的確定并優(yōu)化一個(gè)臨床前的化合物。AI的算法應(yīng)用到藥物分子結(jié)構(gòu)的設(shè)計(jì),邏輯上很直接,分子結(jié)構(gòu)畫出來(lái)是2D的圖,大家可以拿到很多化合物,逐一識(shí)別各個(gè)位點(diǎn)跟蛋白,將其進(jìn)行計(jì)算和結(jié)合,這是其中一個(gè)路徑。

       第二,AI和藥物研發(fā)的關(guān)系上來(lái)講更多的處在早期合作階段,目前除了晶型方面是標(biāo)準(zhǔn)化服務(wù)之外,沒(méi)有一家企業(yè)變成一個(gè)完整的正式服務(wù),早期藥物設(shè)計(jì)階段都是摸索和探索。晶泰科技基于量子化學(xué)基礎(chǔ),結(jié)合計(jì)算機(jī)運(yùn)用軟件,對(duì)藥物晶型進(jìn)行預(yù)測(cè),幫助藥企進(jìn)行藥物設(shè)計(jì)。另外是AI的算法,在晶泰科技內(nèi)部項(xiàng)目上最關(guān)鍵的一個(gè)表現(xiàn)是相當(dāng)于一下晶泰科技多了20和30個(gè)藥物化學(xué)家,設(shè)計(jì)一些結(jié)構(gòu)或者做一些改造,快速產(chǎn)生合理的甚至有效的分子結(jié)構(gòu)的引擎,充分的提供了補(bǔ)充。

AI和藥物研發(fā)

       如果說(shuō)太多的AI,可能會(huì)有點(diǎn)過(guò)分夸大成分,有很多的泡沫存在,目前從科學(xué)發(fā)展角度來(lái)講,AI技術(shù)還在逐漸改良中,而且必須在這個(gè)過(guò)程中去盡量找數(shù)據(jù)多的地方,找數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化容易獲得的地方。純粹實(shí)驗(yàn)合成不行,要從定制合成,要從中間的計(jì)算結(jié)果出發(fā)把這個(gè)環(huán)節(jié)銜接起來(lái),逐步使得它能夠不被取代。相信人工智能藥物研發(fā),將助推更多的藥物設(shè)計(jì)分子結(jié)構(gòu)的產(chǎn)生,并作為用戶友好的工具,促發(fā)藥物新引擎,幫助和提升藥物研究開(kāi)發(fā)工作,使得三高當(dāng)中最后一個(gè)高,高回報(bào)能夠快速的得到實(shí)現(xiàn)。

       藥物新引擎

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