4月22日，PacBio SMRT測(cè)序技術(shù)高峰論壇在北京召開(kāi)，本次會(huì)議上PacBio官方首次發(fā)布了備受矚目的Sequel II測(cè)序平臺(tái)。配置了全新的8M SMRT Cell，Sequel II單張芯片通量較Sequel平臺(tái)提升了8倍左右，數(shù)據(jù)質(zhì)量方面也有明顯改善。安諾優(yōu)達(dá)作為全球首批Sequel II 用戶，見(jiàn)證了本次新平臺(tái)的發(fā)布，并于今年5月底前正式對(duì)外提供Sequel II測(cè)序服務(wù)。
Sequel II 平臺(tái)介紹
Sequel II平臺(tái)仍舊采用了PacBio公司經(jīng)典的SMRT 測(cè)序技術(shù)，將測(cè)序芯片SMRT cell進(jìn)行了全新升級(jí)，芯片上的零模波導(dǎo)孔（ZMW）的數(shù)量由100萬(wàn)升級(jí)到了800萬(wàn)，大大提升了單張芯片的測(cè)序通量。目前Sequel II平臺(tái)運(yùn)行CLR (continuous long read)文庫(kù)，采用10h的運(yùn)行時(shí)間，單張芯片平均產(chǎn)出高達(dá)75Gb；而運(yùn)行Hifi文庫(kù) (highly accurate long reads)，采用30h的運(yùn)行時(shí)間，單張芯片平均產(chǎn)出高達(dá)250Gb，較前一代Sequel平臺(tái)有顯著提升。
數(shù)據(jù)質(zhì)量
Sequel II平臺(tái)除測(cè)序通量進(jìn)行了大幅提升之外，測(cè)試數(shù)據(jù)質(zhì)量表現(xiàn)也非常優(yōu)異。PacBio SMRT測(cè)序時(shí)錯(cuò)誤是隨機(jī)發(fā)生的，后續(xù)的分析可以進(jìn)行自身校正，測(cè)序深度的增加會(huì)顯著提升reads的準(zhǔn)確度。在Sequel II平臺(tái)上，達(dá)到40X的測(cè)序深度，序列的準(zhǔn)確度可達(dá)99.999%（Q50），另外由于SMRT測(cè)序技術(shù)為單分子測(cè)序技術(shù)，沒(méi)有PCR擴(kuò)增偏好性，因此對(duì)序列的GC含量沒(méi)有偏好性，在高/低GC含量區(qū)域，覆蓋仍舊非常均一。
應(yīng)用方向
變異檢測(cè)
SMRT測(cè)序技術(shù)由于其無(wú)PCR擴(kuò)增偏好性和超長(zhǎng)讀長(zhǎng)的技術(shù)特點(diǎn)，非常適合做檢測(cè)結(jié)構(gòu)變異檢測(cè)，目前升級(jí)后的Sequel II平臺(tái)采用Hifi 文庫(kù)進(jìn)行CCS測(cè)序能夠顯著提升堿基準(zhǔn)確度，做到同時(shí)兼顧長(zhǎng)讀長(zhǎng)和高準(zhǔn)確度，除做結(jié)構(gòu)變異檢測(cè)外，能夠適用于SNP、InDel等其它類型的變異檢測(cè)。
基因組組裝
PacBio SMRT測(cè)序已經(jīng)成為目前基因組組裝中廣泛使用的技術(shù)手段，Sequel II平臺(tái)的推出將使得基因組組裝的成本進(jìn)一步下降，結(jié)合CLR文庫(kù)進(jìn)行大片段測(cè)序，未來(lái)SMRT技術(shù)在基因組組裝領(lǐng)域的應(yīng)該將得到進(jìn)一步的拓展。
全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組
全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組采用Sequel II平臺(tái)的Hifi文庫(kù)進(jìn)行測(cè)序，單張SMRT Cell將產(chǎn)出更多的polymerase reads和更長(zhǎng)的酶讀長(zhǎng)，通過(guò)CCS糾錯(cuò)，能夠幫助研究者獲得更多高質(zhì)量的全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本，助力可變剪切、融合基因等的深入研究。
安諾實(shí)力
安諾優(yōu)達(dá)基因科技成立于2012年，總部位于北京，是中國(guó)基因組行業(yè)知名企業(yè)，專注于新一代基因組學(xué)技術(shù)在人類醫(yī)學(xué)健康和生命科學(xué)研究?jī)纱箢I(lǐng)域的產(chǎn)業(yè)化應(yīng)用。自2017年安諾優(yōu)達(dá)推出了三代測(cè)序以來(lái)，已經(jīng)搭建了成熟的三代基因組組裝、變異檢測(cè)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)、表觀組學(xué)分析流程，并且積累了豐富的項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)。尤其是針對(duì)于三代測(cè)序在醫(yī)學(xué)上的應(yīng)用，推出了基于三代人重測(cè)序?yàn)楹诵牡亩嘟M學(xué)精準(zhǔn)解決方案，不僅可以解析全基因組變異信息，進(jìn)行表型相關(guān)性分析、顯性/隱性遺傳模式分析、復(fù)合雜合遺傳模式分析以及靶向藥物反應(yīng)分析等，還可以通過(guò)與Hi-C、RNA-seq等多組學(xué)聯(lián)合解析腫瘤、疾病發(fā)病機(jī)制，助力人類疾病與健康研究。
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